GENETICKÉ LABORATOŘE GENNET
Naším cílem je úspěšný výsledek léčby, proto používáme to nejmodernější technické vybavení. Zjistěte, co všechno s ním dokážeme.
Sekvenátory nové generace (NGS)
Přístroje pro sekvenování nové generace (NGS – Next Generation Sequencing) rozšiřují naše možnosti DNA diagnostiky. Můžeme s nimi totiž vyšetřit až tisíce genů u více pacientů najednou. Tak jsme schopni dokončit celé genetické vyšetření ve velmi krátkém čase, což je důležité např. pro plánovanou operaci nebo výběr terapie nádorového onemocnění. V našem sekvenačním centru máme celkem 4 sekvenátory od firmy Illumina:
- 2x NextSeq 550
- 2x MiSeq
K čemu přístroje využíváme?
- Testujeme dispozice k nádorovým onemocněním onkopanelem CZECANCA (226 genů).
- Prekoncepční testování dispozic k dědičným chorobám a zjišťujeme genetickou kompatibilitu páru CarrierTest (80 genů).
- Neinvazivně vyšetřujeme chromozomální vady plodu z krve matky, především Downův syndrom (NIPT – cfDNA test kliniky GENNET).
- Provádíme preimplantační genetické testování (PGT) embryí.
- Sekvenujeme až 20 tisíc genů v rámci vyšetření klinického exomu prenatálně i postnatálně.
![MiSeq](/thumbs/9/c/e/9ceffb60b152c9aae0189eb4978a19e6/gi8a9829-524x449.jpg)
![NextSeq 550](/thumbs/7/4/6/746cfb661ba590fd2174ea8428bf23fe/gi8a9771-524x449.jpg)
![NextSeq 550](/thumbs/3/b/d/3bdaf992ab8c6328c3b6213c7ff7aa4a/gi8a9786-524x449.jpg)
Robotické pipetovací stanice
Robotické pipetovací stanice jsou automaty pro přípravu knihoven vzorků DNA k sekvenování nové generace (NGS – Next Generation Sequencing). Proces je automatický, což snižuje riziko chyby nebo znehodnocení vzorku a současně zrychluje vyšetření, neboť má vysokou kapacitu až pro 96 vzorků v jednom běhu přístroje a zkracuje dobu přípravy požadované knihovny. Systémy mohou posloužit pro mnoho NGS aplikací včetně celogenomového sekvenování, sekvenování RNA, cíleného a amplikonového sekvenování.
V současnosti využíváme k přípravě NGS knihoven tyto automaty:
- Sciclone NGS Workstation (f. PerkinElmer)
- Hamilton Microlab Star (f. Hamilton)
- Apollo 324 NGS library prep (f. Wafergen)
![Apollo 324 NGS library prep (f.Wafergen)](/thumbs/2/b/6/2b6028fea1c23d2bf9533fc41c195eec/gi8a9820-524x449.jpg)
![Hamilton Microlab Star (f.Hamilton)](/thumbs/f/3/a/f3a6395541d9f1075ab986c5f0b3d12b/gi8a9677-524x449.jpg)
![Hamilton Microlab Star (f.Hamilton)](/thumbs/6/9/c/69cfcb50817635855cdbee8f02ca73a3/gi8a9681-524x449.jpg)
![Hamilton Microlab Star (f.Hamilton)](/thumbs/c/5/f/c5fd7ae79f6cc99697d86d2d04543114/gi8a9714-524x449.jpg)
Automatické izolátory nukleových kyselin
V laboratořích pracujeme s plně automatickými systémy pro izolaci DNA z periferní krve a pro izolaci cfDNA (cell free, volné DNA) z krevní plazmy těhotných žen v rámci neinvazivního prenatálního vyšetření chromozomálních vad plodu (cfDNA test kliniky GENNET). Automaty splňují náročné požadavky pro izolaci nukleových kyselin a umožňují získat a izolovat DNA až 96 vzorků najednou. Tím se celý proces zrychlí a zvýší se kvalita následných genetických vyšetření.
Využíváme tyto izolátory:
- QIA Symphony SP DNA Preparation System (f. Qiagene)
- MagCore Super (f. RBC Bioscience)
![MagCore Super (f. RBC Bioscience)](/thumbs/4/c/a/4cae43d99a7dfeab5c1843c47f68412c/gi8a9537-524x449.jpg)
![MagCore Super (f. RBC Bioscience)](/thumbs/d/0/0/d00c82110828836349864e82da5b336d/gi8a9566-524x449.jpg)
![MagCore Super (f. RBC Bioscience)](/thumbs/8/6/f/86fa790cd29736d6125419a7b1233de9/gi8a9601-524x449.jpg)
![QIA Symphony SP DNA Preparation System (f. Qiagene)](/thumbs/0/6/5/065af0cfae71bbaf5426c56df8bfbb61/gi8a9667-524x449.jpg)
Přístroje pro real-time PCR
Přístroje jsou určeny pro rychlou a přesnou analýzu PCR produktů v reálném čase (RT PCR). V jednom běhu přístroje můžeme analyzovat až 96 vzorků. Metodou RT PCR vyšetřujeme trombofilní mutace (vrozené dispozice ke srážlivosti krve), odpověď na hormonální stimulaci u žen, a stanovujeme přítomnost rizikových HLA alel pro celiakii, Bechtěrevovu chorobu a predikci imunogenicity (rychlosti tvorby protilátek) u pacientů s Crohnovou nemocí léčených anti-TNF preparáty.
Pracujeme s těmito přístroji:
- QuantStudio5 (f. Thermo Fisher Scientific)
- Rottor Gene (f. Qiagen)
![QuantStudio5 (f. Thermo Fisher Scientific)](/thumbs/2/c/d/2cdc3932f25712f4b0e62aa35ca06535/gi8a9604-524x449.jpg)
![QuantStudio5 (f. Thermo Fisher Scientific)](/thumbs/0/6/d/06dfedb56b2c613efcb51e7b5910f9de/gi8a9628-524x449.jpg)
![QuantStudio5 (f. Thermo Fisher Scientific)](/thumbs/a/2/3/a23fc251fe351fb0272bf90126aa81d5/gi8a9639-524x449.jpg)
Sekvenátory pro fragmentační analýzu a přímé sekvenování DNA
Hlavním úkolem tohoto přístroje je přímé (Sanger) sekvenování úseků DNA, tedy stanovení přesného pořadí jednotlivých nukleotidů DNA pacienta v testovaném vzorku, a fragmentační analýza. Metodou přímého sekvenování PCR produktů ověřujeme nálezy patogenních mutací z NGS vyšetření (Onkopanel CZECANCA), neboť každá mutace musí být před vydáním výsledku pacientovi vždy ověřena z jeho druhého (konfirmačního) vzorku.
Dále na přístroji sekvenujeme DNA neslyšících pacientů s cílem najít změny (mutace) v genech odpovědných za vznik dědičné hluchoty. Metodou fragmentační analýzy pak vyšetřujeme mutace genu pro cystickou fibrózu a mikrodelece chromozomu Y. Velmi rychlou metodou QF-PCR zjišťujeme nejčastější aneuploidie chromozomů (21, 18, 13, X a Y) plodu z invazivního vyšetření těhotné ženy (odběru plodové vody, tkáně placenty nebo pupečníkové krve) a tak máme pro pacientky výsledek již druhý den od zákroku. Na tomto principu vyšetření funguje i určování otcovství a genetické příbuznosti osob.
V laboratoři máme tyto přístroje od firmy Applied Biosystems:
- ABI Prism 3130xl Genetic Analyzers – vysokokapacitní se 16 kapilárami
- ABI Prism 3130 Genetic Analyzers – se 4 kapilárami
Metaphase Chromosome Harvester Hanabi PI(výrobce ADS Biotec)
Robotický přístroj umožňuje automatické zpracování až 16 vzorků periferní krve v jednom běhu a následnou přípravu cytogenetických preparátů k vyhodnocení chromozomální výbavy (karyotypu) pacienta.
Automatizace snižuje riziko chyby nebo znehodnocení vzorku a současně zrychluje vyšetření.
![](/thumbs/1/c/3/1c368add2a9df97792a906409e365860/gi8a9425-524x449.jpg)
![](/thumbs/7/4/6/746a3b3147fb4518a6936816f4d28cdf/gi8a9450-524x449.jpg)
Robotický mikroskop se zásobníkem preparátů(výrobce Applied Spectral Imaging)
Toto zařízení umožňuje automatické vyhledávání velkého množství chromozomálních metafází, jejich snímání, digitální záznam a softwarovou analýzu na dalších počítačových stanicích pro velmi rychlé, přesné a efektivní stanovení karyotypu pacienta z vyšetřovaných vzorků.
![](/thumbs/3/4/e/34e5bdb605cd7fa037eadce39e899132/gi8a9461-524x449.jpg)
![](/thumbs/4/5/0/4509c9fcd69ec8d83496c75db399240a/gi8a9389-524x449.jpg)
![](/thumbs/0/d/e/0de5f5e09afa1d41316679f40c8f278e/gi8a9392-524x449.jpg)